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Ersten geschichtlichen Quellen zufolge entstanden die ersten menschlichen Ansiedlungen in dieser Gegend um 500 v. Chr.; sie nehmen hauptsächlich Bezug auf Menschen etruskischer Herkunft oder anderen ortsgebundenen oder semi-nomadischen Zivilisationen, die später in die romanische Herrschaft eingebunden wurden.

Gebaut von den Langobarden auf den Ruinen vorheriger Festungen, wird das Schloss auf 500 n.Chr. datiert.
Als die Franken die Langobarden in 509 n. Chr. Besiegten, wurde das Schloss teilweise zerstört und dann wieder aufgebaut.

Alberto della Scala, Herr von Verona, veränderte das Gesetz von Verona im Jahre 1277. Dieses Gesetz stellte sicher, dass jedes Schloss oder jede Festung, die zur Stadtgegend gehört, von der zentralen Regierung zu verwalten sei. Eine Ausnahme wurde für das Schloss von Malcesine und weitere sechs Gebäude, die konfisziert wurden, gemacht. Sie wurden unter die direkte Kontrolle des Herren von Verona gestellt.
Die neuen Herrscher veränderten das alte Gebäude und seitdem wurde das Schloss "Scaligero" genannt(Scaliger, von della Scala).

Charles IV, König von Böhmen, gewährte Mastino II della Scala im Jahre 1351 die Führerschaft des Sees und das Recht, Beschützer und Amtsträger zu ernennen und abzuschaffen. Dies markierte den Beginn des Bundes des Gardasees und der Seeführerschaft (Gardesana dell'Acqua), die bis zur Errichtung der Italienischen Republik (1802) bestand.

Gardesana dell'Acqua war ein Bund von 10 Gemeinden, die mit einer weitgehenden Autonomie ausgestattet waren. Er bestand aus drei Stellen: die obere umfasste Malcesine, Brenzone und Pai; die mittlere Torri, Albisano, Garda und Costermano während die untere aus den Territorien Bardolino, Cisano und Lazise bestand. Se wählten 18 Ratsmitglieder (drei von ihnen in Malcesine lebend) und einen Bürgermeister, normalerweise in Torri lebend, wo die Versammlungen unter Vorsitz des Seehauptmannes stattfanden.
Der Seehauptmann hatte die Pflicht, das föderale Gebiet zu überwachen und zu beschützen, sowie die Akte von Recht und Ordnung auszuführen.

Der Seehauptmann lebte in Malcesine, dem nächsten Ort zur Grenze, und um ihm eine geeignete Platz zu geben, erwarb die Gemeinde von Verona das Scaliger "casamentum" Gebäude im Jahre 1618, das heutzutage Palazzo dei Capitani heißt.

Die blühende Entwicklung des Bundes nahm keinen Einfluss auf die Stadtgemeinden. Folglich behielt die Gemeinde von Malcesine ihre eigene Rechte, unter ihnen war eines der relevantesten die Errichtung von drei Räten: "consiglio Piccolo" für die Bearbeitung von Standard Aufgaben, "consiglio Grande" für die Abwicklung der essentiellen Themen und "consiglio Maggiore", dessen Mitglieder die Leiter der Familien waren und sich um die außerordentlichen Fragen kümmerten.

Die Gardesana dell'Acqua, mit seinen 450 Jahren Existenz hat sich als Schauplatz vieler Kämpfe gezeigt: der meistbekannte war derjenige zwischen Venedig und dem Haus der „Visconti von Milan“ während desjenigen einige venezianische Galeeren von der Etsch zum Gardasee getragen wurden.

Das Haus von Visconti verdrängte das Haus der Scaliger im Jahre 1387. Danach war es 1405 an den Dogen von Venedig, nachzufolgen. Als die Klasse der Cambrai Venedig angriff, ging Malcesine von 1508 bis 1516 zum Herrschaftsgebiet von Kaiser Maximilian I über. Danach wurde die venezianische Macht wiederhergestellt.

Als Napoleon 1796 Österreich den Krieg erklärte, um die Macht über die Lombardei und die restlichen Teile Norditaliens zu gewinnen, wurden viele französische Truppen nach Malcesine gesandt. Aber, obwohl die neutrale Kontrolle von Venedig nicht mehr existierte, blieb die administrative Struktur von der Gemeinde des Gardasees und Gardesana dell'Acqua während der französischen Herrschaft und später, unter der österreichischen Macht, die 1798 begann, unverändert.

Am 18. Februar 1801, dem Frieden von Luneville folgend, annektierte die Cisalpine Republik Malcesine.

Als die Italienische Napoleonische Republik 1802 gegründet wurde, wurden der Bund, die Führerschaft und das Consiglio maggiore allesamt verdrängt und durch Stadträte ersetzt.

Mit dem Fall Napoleons wurde Malcesine durch das Königreich der Lombardie und Venetien annektiert.

Malcesine erlebte teilweise harte Umstände durch die italienische Vereinigung. Die Stadt litt kurzweilig unter der piemontesischen Besetzung und der Schlacht von Goito im Jahre 1848 um dann nach österreichischer Herrschaft 1866 Teil des Königreiches Italien zu werden.